Điểm sáng đáng chú ý nhất ở mùa bóng này là các chân sút nội đã cho thấy sự tiến bộ mạnh mẽ khi số pha lập công chiếm hơn 52% tổng số bàn thắng của giải đấu (287/548 bàn thắng). Có hơn 100 cầu thủ nội sút tung lưới đối phương. Điển hình là những chân sút xuất sắc của V-League như: Vũ Minh Tuấn (đội Than Quảng Ninh), Lê Văn Thắng (Hải Phòng), Hoàng Đình Tùng (FLC Thanh Hóa), Nguyễn Anh Đức (Becamex Bình Dương)… Kết quả đáng mừng trên sẽ giúp Huấn luyện viên (HLV) trưởng đội tuyển Việt Nam Nguyễn Hữu Thắng có thêm các phương án thuận lợi nhất để xây dựng cho đội tuyển qu???c gia những “miếng” tiến công đa dạng hơn khi Giải AFF Cup sắp diễn ra.
Với 50 điểm, bằng điểm so với đối thủ xếp thứ hai trên bảng xếp hạng là đội Hải Phòng, đội Hà Nội T&T đã giành ngôi vương V-League 2016 nhờ hơn về hiệu số bàn thắng/bàn thua. Đây là chức vô địch thứ ba trong lịch sử của đội bóng Thủ đô. Với tiềm lực tài chính dồi dào, dàn cầu thủ chất lượng, kết hợp giữa sức trẻ và kinh nghiệm, đội quân của HLV Chu Đình Nghiêm đã có cuộc “lội ngược dòng” ngoạn mục. Cũng có ý kiến cho rằng, chiến thắng của đội Hà Nội T&T sẽ tạo ra động lực để các đội khác nỗ lực vươn lên cạnh tranh ở V-League năm tới.
Đã có 548 bàn thắng được ghi trong 182 trận (trung bình 3,01 bàn/trận), cho thấy cuộc so tài giữa 14 đội khá sôi động. Các trọng tài đã rút ra 675 thẻ vàng, 39 thẻ đỏ phạt lỗi chơi xấu của các cầu thủ. Điều đó đã nói lên tính quyết liệt trong tranh đua. Tuy nhiên, số lượng khán giả đến các sân cổ vũ cho các đội thi đấu, tính ra trung bình chỉ có khoảng hơn 6.000 người/trận, giảm hẳn so với năm 2015 (gần 7.500 người/trận). Đặc biệt, ở các vòng đấu cuối, một số trận đấu chỉ có từ một nghìn đến hai nghìn người đến sân vận động. Đã có ý kiến ví von rằng, bóng đá và người hâm mộ như “cá với nước”, nhưng cá làm sao sống nổi nếu thiếu nước và khán giả chính là thước đo chính xác nhất cho chất lượng chuyên môn của các giải bóng đá ở mỗi qu???c gia. Việc số người xem giảm chứng tỏ chất lượng giải đấu năm nay chưa được nâng lên. Và đó là một trong những nguyên nhân chính khiến bóng đá Việt Nam khó bước sang một trang mới tươi sáng, và cũng là hệ lụy khiến chúng ta không “gặt hái” được thành công như mong muốn ở các cấp độ câu lạc bộ cũng như ở cấp độ đội tuyển qu???c gia tại “sân chơi” khu vực trong vài ba năm trở lại đây.
Với một giải vô địch qu???c gia như V-League chỉ kéo dài hơn năm tháng (các cầu thủ tập trung lên đội tuyển qu???c gia thi đấu vòng loại World Cup 2018, nghỉ giữa giai đoạn lượt đi - lượt về mất khoảng tháng rưỡi, trong khi thời gian của một giải đấu qu???c gia ở các nước khác thường từ tám đến chín tháng), trung bình chỉ khoảng 35 trận đấu cho mỗi đội bóng trong một mùa giải, khiến cơ hội cọ xát của các cầu thủ ít, dẫn đến kinh nghiệm trận mạc, bản lĩnh thi đấu còn nhiều hạn chế.
Công tác tổ chức, bảo đảm an ninh, an toàn cho khán giả ở các sân vận động cơ bản hoàn thành. Nhưng việc điều hành của các "ông vua" trên sân cỏ còn bất cập, mắc nhiều sai sót, thậm chí là nghiêm trọng, ảnh hưởng trực tiếp đến kết quả một số trận đấu và quyền lợi của các đội bóng. Chính vì trọng tài bị chỉ trích nhiều và những sai lầm liên tục mắc phải của họ, đã buộc Ban tổ chức giải phải thuê trọng tài các nước trong khu vực và châu lục như: Thái-lan, Xin-ga-po, Nhật Bản điều hành ở các vòng đấu về cuối, nhất là ở những cuộc so tài quan trọng và “nhạy cảm”. Điều này cho thấy đội ngũ cầm cân nảy mực của bóng đá nước ta chưa thật đồng đều, một bộ phận trọng tài còn yếu về năng lực cầm cờ và cầm còi. Bên cạnh đó, căn bệnh bạo lực giữa các cầu thủ gần như đã trở thành mãn tính khi tiếp tục tạo nên những hình ảnh xấu xí của sân cỏ nước ta, đồng thời có nguy cơ mang lại hậu quả khôn lường cho cuộc đời và sự nghiệp của các cầu thủ, cả người gây ra, lẫn những nạn nhân. Lối chơi bóng xấu xí, thực dụng, không hết mình và có cả những dấu hiệu dàn xếp tỷ số, “cho” hay “nhường” điểm nhau, dẫn đến không ít “kết quả đáng ngờ” vẫn tồn tại, gây nên những bức xúc, sự phẫn nộ và phản ứng của người hâm mộ và kết quả là sự tẩy chay đối với một số đội bóng vốn là “con cưng” của họ.
Nhìn lại V-League 2016, Ban tổ chức giải, Công ty cổ phần Bóng đá chuyên nghiệp Việt Nam (VPF) sẽ có những đánh giá, nhìn nhận một cách thực chất khi tổng kết về giải đấu để có những giải pháp khắc phục hạn chế, hướng tới mùa giải V-League 2017 thật sự hoàn thiện hơn, thu hút ngày càng nhiều cổ động viên đến sân hơn, xứng đáng là một giải đấu hấp dẫn, sôi động của khu vực Đông - Nam Á.